Linux hat ein eigenes Dateisystem, z.B ext2. Gibt auch andere noch, aber wurscht. Kannst mit Win jedenfalls nicht drauf zugreifen, umgekehrt schon - so gehört´s ja auch.
Würde wenn dann Windoze auf die primäre Part. schmeißen, da das ja der zimperliche der beiden "Kontrahenten" ist. Über die Installationsreihenfolge könnte ich Dir nur mit Vermutungen dienen, deshalb überlass´ ich das lieber wem anderen. Und wenn man hier so antwortfaul bleibt, versuch´s doch mal im Linux-Forum
!