Keine Ahnung an was das liegen könnte. Ich glaube aber eher nicht das die "langsame" Hardware schuld ist.
Gibt es auch Performanceprobleme wenn die Firewall deaktiviert wird?
Du könntest die neueste Samba Version von
www.backports.org installieren. Dazu musst Du folgendes in /etc/apt/sources.list eintragen:
und dann
apt-get update && apt-get upgrade ausführen.
Falls eine kleine Partition auf der Serverplatte noch frei ist, könntest Du testhalber aber auch Fedora Core als zweitsystem dazu installieren und probieren ob es dort die selben Probleme gibt. Sollte sich wesentlich schneller (1-2 Stunden) als bei Debian aufsetzten lassen (Menüpunkt Server anwählen)