Das einzige was passiert ist das der Bootsektor der Platte von Win98 überschrieben wird, und du dadurch nicht mehr ins 2000er booten kannst.
Aber das lässt sich leicht reparieren; nämlich so wie es spunz eh schon geschrieben hat.
PS: ich hab auch noch WinME drauf, und könnt auch drauf verzichten.....