Also, zu allererst:
Daß eine Platte in Win-Sys nicht gelesen wird, könnte normalerweise mit vorhandenen ext2 Partitionen zu tun haben, die kann Win nämlich nicht lesen - komisch ist halt jetzt, daß die andere (ME)HDD auch nicht gelesen wird.
Jetzt wäre es halt wieder interessant zu wissen, wie die Platten bei Dir hängen (hab ich eh schon gefragt) - erklär mal, wie Du sie samt Deinem CD-LW aufgeteilt hast, Du brauchst ja dann in Summe einen zusätzlichen Controller, da Du ja mind. 5 IDE-Devices drin haben müßtest.
So, nun zum Linux selbst: Kann in der von Dir angegebenen Konfiguration nicht funktionieren!
Warum? Wenn Du LILO verwendest, dann muß dieser entweder
a) In der Bootpartition der BootHDD liegen, oder
b) Im MBR der W2k Partition (die ja die erste auf der Bootplatte ist)
Wenn Du einen anderen Bootmanager verwendest, dann könntest Du LILO sonstwohin spielen, da ist es im übrigen egal, ob die Boot-dev gemeinsam mit Swap & Root zusammenhängt, oder auf einer anderen Platte liegt...
Zudem dürftest Du ein Konfigurationsproblem im LILO haben, weiß jetzt grad selber nicht die Problemstellung, wenn LILO bei der dritten Stufe (LIL-) stehen bleibt, die 4 Buchstaben sind ja letztendlich nichts anderes, als eine Fortschrittsanzeige des Bootvorganges.
Jedenfalls hilft Dir LILO in der Bootsequenz der zweiten Platte genau nichts, wenn Du über W2k booten willst.
Ich würde an Deiner Stelle eine Sicherung der W2k Partition machen und LILO in den MBR spielen, wennst an BootMagic kommst, wär das noch gscheiter, weil wenn Du so wie in Deinem Fall nicht nur diese beiden Betriebssysteme hast, sondern noch ein 3tes oder viertes, dann ist diese Lösung um einiges Komfortabler und vor allem kannst Du Dir kaum eine Bootsequenz zerschiessen, weil alle OS-spezifischen Bootroutinen in der eigenen Partition bleiben, BootMagic muß sich nur noch in Deiner W2k-Partition vorne hin setzen, wenn W2k bei Dir auf einer FAT-32 Partition sitzt, gäbs da eigentlich keine Probleme.
Also, laß mal hören wie Deine Platten hängen und sorry daß ich Dir schon wieder nicht entscheidend weiterhelfen kann
P.S.: Komm grad drauf, daß ich oben teilw. Blödsinn geschrieben habe: Natürlich sollte die Lösung via LILO funktionieren, wenn Du die 2te Disk als Boot-HDD definiert hast, aber wenn Du über HDD-0 bootest ist's klar, daß nichts passiert, das hab ich oben gemeint!