Bei den Einstellungen unter dem Punkt ATC (Air Traffic Control) gibt es diese Möglichkeit.
Wenn Du den ersten Punkt (Show ATC text) abwählst aber den zweiten Punkt (Auto-open ATC window) aktiviert lässt, dann öffnet sich das Fenster nur bei den Funksprüchen an das eigene Flugzeug.
Änderungen direkt in FS9.CFG sollte man nur in Ausnahmefällen vornehmen. Die meisten Einstellungen kann man eh über die Dialogboxen des FS9 vornehmen. Für den Rest sollte man vorher genug Hintergrundwissen angesammelt haben.
Man kann natürlich problemlos einen der Parameter aus FS9.CFG z.B. über Google suchen. Nur wird man dann mit ziemlicher Sicherheit auf diverse Flugsimulator-Foren geleitet und erhält dort tw. ziemlich widersprüchliche Aussagen. Gute Suchbegriffe sind "explanation values fs9.cfg".
Für deutsche Erklärungen suche einfach in diesem Forum.
Eine gute Erklärung zu div. FS9-Themen auf Deutsch habe ich auf
http://www.stingel.de/flusi-faq/fs2004/ gefunden.