Also wenn Du unbedingt die zweite Platte bootfähig bekommen möchtest, dann könntest Du auch die "Hardcore-Variante" ausprobieren: Platte 1 kurz ausbauen und Windows auf Platte 2 installieren. Dann wieder Platte 1 einbauen. Ev. müssen die Platten von Slave auf Master umgestellt werden o.ä.
Softwaremäßig ginge das z.B. mit dem Programm
PartitionMagic
Da kann man dann auch wählen, von welcher Platte man booten möchte u.v.m.