Das passiert, wenn man immer nur bei Schönwetter fliegt!
Und jetzt wieder ernst:
Ich kenn' die Seen zwar nicht von "vorher" (vor dem 9.1-er-Patch), aber mir erscheinen Sie normal. Wobei ich mich auf die Seen-Abbildung im FsNavigator (mir ist die eingschränkte Darstellung dort bewußt!), aber auch mit dem Mesh-Verlauf und der AutoGen-Szenerie: keine "nackten" Ufer rund um den Zürcheresee, keine "halbleeren Wannen".
Bevor Du jetzt den FlySim wieder komplett zerlegst:
Kann es sein, daß Du ein Szenerie-AddOn für die Schweiz benutzt? Wenn ja, probier' eine Neu-Installation dieser Szenerie(n). Möglicherweise hat das Patch eine/einige Szenerie-typischen Dateien überschrieben. Dann müßte es mit einer Szenerie-Neuinstallation wieder behoben sein.
Wenn nein, dann hab' ich keine Ahnung, weil ich den Fehler bei mir nicht erkenne(n kann).