hallo goldeneye!
bei deiner konfiguration: eine aktivierte primäre partition c: ; erweiterte partition mit logischen laufwerken (d:, e:, ...)
solltest du, wenn du w98 + w2000 verwenden willst, nur so vorgehen (ohne einen EXTERNEN BOOTmanager zu verwnden):
1. zuerst w98 installieren (ginge zwar auch auf c:, besser aber ab d:!!)
2. win2000 auf c: (ginge auch auf d: e: ...)
win98 schreibt IMMER was (autoexec.bat, config.sys, command...) auf die PRIMÄRE partition um starten zu können!
win2000 erkennt das auch(schon vom MBR her) und installiert und konfiguriert seinen bootmanager dahingehend und schreibt seinerseits wieder was auf c

die primäre (StartBoot-partition))um starten zu können!
wenn du aber c: auf NTFS formatierst wird dein w98 nie mehr starten, da w98 NTFS ja nicht unterstützt dh.: dann seine Startdateien nicht mehr findet !
ciao