Wahrscheinlich daran das Apache nicht wirklich für Windows optimiert ist. IIS 6.0 dagegen ist fester Bestandteil des Betriebssystems.
Ähnliche Performanceunterschiede gibt es z.B. auch bei ASP.NET vs. PHP. PHP ist auf Windows Server um einiges langsamer als unter Linux/Unix während es bei ASP.NET keinen Performanceeinbruch gibt.
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