Die Bootdateien von Win2k müßen auf der Partition sein wo Win9x installiert ist, nur dann funktioniert Dualboot. Ich habe Z.B. Win9x auf c: (aktiv)gehabt. Win2k installiert, (installiert die Bootdateien auch auf c:\) findet Win9x und aktiviert Dualboot. Bei der Partitionsabfrage wo Win2k installiert werden soll kannst du dann denn Laufwerksbuchstaben deiner
Wahl eingeben.
Du hast Win9x auf f: installiert und Win2k auf c:. Ich vermute Win2k hat die Bootdateien auch auf c: installiert und dadurch Win9x nicht entdeckt. Daher kein Dualboot.
Ich hoffe ich habe mich einigermaßen verständlich ausgedrückt.

