Hast du zufällig andere Partitionen auf der Festplatte, die du nicht formatierst und womöglich infiziert sind ?
Hast möglicherweise ein Netzwerk, wo ein anderer Rechner infiziert sein kann ?
Es gibt meines Wissens auch resistente Viren, die Formats überleben.
Beim Neuformat sollte der mbr überschrieben werden, mittels fdisk /mbr.
Last but not least, originale Win CD

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Linux is like a wigwam:
No windows, no Gates, Apache inside.