Nochmal zur Erklärung:
PHP läuft unter dem User des Webservers (nobody, www-data o.Ä.). Daher gehören Daten die du per PHP auf den Server lädst oder erstellst, diesem User.
Wenn du per FTP auf den Server zugreifst verwendest du deinen FTP User. Dieser hat keine Berechtigung auf die Datei zuzugreifen, da sie ihm ja nicht gehört.
Lösung: Du kannst für die Datei die du per PHP erstellt hast, auch mit PHP die Berechtigungen ändern oder sie löschen (das geht weil die Datei ja dem Webserver/PHP User gehört). Mach die Datei per PHP einfach kurzfristig für "alle" lesbar/beschreibbar, dann kannst du sie mit dem FTP User herunterladen/löschen.
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