Eigentlich gehts ganz einfach, aaaaber:
Da viele Addons sich in der Registry verewigen wirds dann schwierig, wenn du Patches etc. installieren willst (musst). Du musst also nach der Kopieraktion noch die Einträge der Addons suchen und ggf an die neue Situation anpassen.
Das gleiche gilt auch für den FS, aber dafür gibt es hier ein Tool:
http://www.visualflight.co.uk/FS2004Toolkit/
Lies bitte die Seite ganz durch, der Downloadlink ist ganz am Ende. Dieses Toll sollte Dir einiges an Arbeit abnehmen können.