Botho,
in diesem Fall würde ich:
GAP ganz nach oben packen (schadet nix)
lokale Scenerien drunter (mit ist GAP wichtiger)
Rainers Flüsse ebenso (da kollidiert nix)
die LCs darunter (spielt in diesem Fall keine Rolle)
das Mesh - egal wohin (spielt in diesem Fall auch keine Rolle)
Hört sich das jetzt zu einfach an ?
Du musst einfach selber sortieren:
Meshs sind die Grundlage (Höheninformationen)
darauf liegen die LCs (welcher Landschaftstyp wird wo angezeigt)
und darauf die normalen Scenerien mit ihren Objekten.
Irgendwo bei Meshs und LCs liegen die Flüsse

.
Prioritäten kommen nur dann ins Spiel, wenn sich was überlappt. Andersrum: du brauchst nicht zwischen Meshs und LCs sortieren - auch wenn sich da was (geographisch) überlappt, sind das unterschiedliche Ebenen, die sich nicht stören.
Problematisch sind bei einer Überlappung des gleichen Typs (erst dann!) so viele nette Randbedingungen: z.B. wo hat man LCs hin installiert (hier gilt i.d.R.: kleine LCs überlagern grosse LCs in einem Verzeichniss, Verzeichnisse werden über die Scenerie-Bibliothek priorisiert) ? Welche Auflösung haben die Meshs (hier gilt, dass höher auflösende die niedrig auflösenden überdecken, da spielt die Priorisierung in der Scenerie-Bibliothek keine Rolle)
Ansonsten - wie Joachim gesagt hat - musst du dir alles einzeln ansehen und für mehr oder weniger gut befinden.