Chris, das bedeutet, dass es tatsächlich ein Problem mit der Festplatte bzw. der Datenstruktur darauf gibt. Da gibt es jetzt 1000 und 1 Möglichkeit, von denen ich in diversen Newsgroups schon gelesen habe.
Hast du die Partition, die da geprüft wird, im FAT32-Format erstellt ? Die machen laut den Berichten vieler vom selben Verhalten geplagter User Probleme. Hier könnte eine Umstellung auf NTFS Abhilfe schaffen.
Wenn alles nichts hilft könntest du die Datenträgerüberprüfung überhaupt ausschalten - würde ich aber nur im Notfall tun.