Dann mußt Du wirklich einen anderen Bootmanager verwenden.
XFDISK (wurde schon ein paar Mal gepostet, mußt suchen)
IBM Bootmanager (hat aber Probleme mit Win2000, die sich aber lösen lassen, wurde auch schon gepostet)
LILO (LInux LOader
)
Eine Platte verstecken geht meines Wissens nicht, maximal eine Partition.