Wenn ich dich richtig verstanden habe hast du Win2k über WinMe auf die Hd2 installiert. Das Problem ist das die Bootdateien auf der Hd1 sind. Nur die Boot.ini umschreiben wie es tarkan meint wird nicht funktionieren.
Ich würde mal von der Cd booten und "eine Win2kinstallation reparieren" ausprobieren.
