Schau mal ob die Änderungen wirklich in der richtigen xf86config gespeichert wird, also /etc/X11/XF86Config.
Kann sein, dass die Einstellungen in einer config in /root gespeichert wird.
Und wie _m3 schon sagte, du möchtest auf keinen Fall mit root Rechten arbeiten.
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Linux is like a wigwam:
No windows, no Gates, Apache inside.
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