Hallo!
Wenn sich die SID nur ändert, wählen sie im echten Flieger einfach die neue aus... Aber genug der Spitzfindigkeiten!

Du redest ja explizit von den Vectors des FS2004-ATC.
Zunächst mal: Welcher Flieger, was sagt das FMC?
Ich erinnere micht dunkel, dass es bei der PMDG wohl "NOT ON INTERCEPT HEADING" sagen müßte, bin aber noch kein 737-Experte. Zunächst würde ich in jedem Fall sichergehen, dass du den Wegpunkt, zu dem du nun willst an die oberste Stelle im Flugplan rückst und alle discontinuities entfernst. (entspricht dann etwa "direct to <waypoint>") Dann sollte es schon besser klappen.
Aber ich glaube, wenn du verrätst, um welchen Flieger es sich handelt, können dir die jeweiligen Experten besser helfen!
Felix
P.S: Wenn du einen Flugplan hast und dir sicher bist, auf welchen runway das ATC des FS2004 dich schickt (immer der nächste vom Parkplatz, der lang genug ist, glaube ich), dann kannst du die Wegpunkte der SID ja auch in den MS-FLugplan einfügen. Dann meckert das ATC nicht mehr, weil seine Vektoren genau mit deiner SID übereinstimmt. Dann kannst Du LNAV drin lassen. Ich empfehle hierfür FSBuild2, weil es die Wegpunkte der SID super in einen MS-Flugplan exportiert, auch wenn der MS-Flugplaner die gar nicht kennt.
Es ist zwar nicht ganz relistisch, weil man in real AFAIK die SID ja nicht in den ATC-Flugplan eingibt, sondern ATC diese bestimmt. Aber andererseits kennt in real world ATC ja auch seine SIDs und gibt zumindest in Europa auch selten Vectors for Departure, anders als in Amiland.
Aber vielleicht kennst Du das ja schon und meinst den Fall, der auch mir trotzdem noch oft passiert, nämlich dass man im MS-Flugplan die SID für den falschen runway eingegeben hat. (drehende Winde...)