Hi!
Also ich würde aufgrund der Beschreibung ebenfalls darauf tippen das Du dir einen Virus (der sich gekonnt vor dem AntiVirus versteckt) oder Trojaner eingefangen hast.
Nach dem Du schreibst das die Dateien am Server-Share einen komischen Dateinamen ("z.B: fjhz78kj oder so ähnlich") bekommen würde ich Dir vorschlagen einen Virenscanner für LINUX runterzuladen und damit mal die Verzeichnisse der Windows-Shares zu prüfen.
Auch wäre es kein Fehler wenn Du den AntiVirus auf Deinem Linux-Server im Hintergrund live mitlaufen läßt; sodaß er die Schreib-/Lesevorgänge in den Windows-Shares on-the-fly mitprüft.
Da gäbe es:
H+B EDV AntiVir Personal für Linux
http://www.hbedv.de/
Nach der Installation des Scanner kannst Du Dir eine Kostenlose 1-Jahres Lizenz von der Herstellerseite holen wenn Du den Server nur für Private zwecke verwendest
Open AntiVirus
http://www.openantivirus.org/
Freier Virenscanner
Alternativ prüf' mal wie's um die Festplatte(n) bestellt ist. Von Rescue System (Boot CD der Distribution) hochfahren und mal einen intensiven fsck.<filesystem> /dev/hdX über das Datenlaufwerk fahren um auszuschließen das es sich um ein inkonsistentes FS oder sterbende Festplatte handelt.
Viel Erfolg bei der Suche.