[Dumdideldum]

Wenn du Linux installierst, dann wird normalerweise auch ein Bootmanager installiert, welcher den Win-"Bootmanager" einfach überschreibt. (wenn du es explizit im MBR schreiben lässt).
Es hängt von der Distri ab, aber normalerweise wird Windows automatisch zur Liste des Bootmanagers hinzugefügt, und damit auch startbereit gemacht.

Das Wie hängt vom verwendeten Bootmanager ab, also ob grub oder lilo.
Brauchst dir aber keine Sorgen zu machen, dass dein Windows unstartbar wird.

In deinem Fall könntest du natürlich auch den Bootmanager auf die 2te Platte installieren (im MBR), und die 2te Platte als Startplatte im Bios einstellen, um somit das Überschreiben den Win-Bootmanagers zu verhindern.
Bzw. auf eine Partition draufspielen, die du dann mittels fdisk aktivierst.
Lese aber auf alle Fälle das Installationshandbuch, damit sollten alle deine Fragen beantwortet werden.

Edit:
BTW: Welche Linux-Distribution ?