Hallo Juro,
würde auch PDF empfehlen.
Es gibt Freeware und käufliche Progis mit denen Du den Scann direkt in PDFs umwandeln kannst, ggf. über das Druckmenu.
Freeware wäre z.B. FreePDF mit Ghostscript, siehe:
http://www.shbox.de/freepdf.htm
http://freepdfxp.de/fpx732.htm
Kostenpflichtig wäre OmniPage Pro 14 zu empfehlen, habe es in Verwendung und bin sehr zufrieden damit. Kann eine ganze Menge und ist eigentlich ein OCR-Progi, siehe:
http://www.scansoft.de/omnipage/standard/