Danke für eure Infos!
Hab nun folgendes gemacht (Tipp per google gefunden):
Auf C: im Root gibt es die Datei "Msdos.sys", diese hab ich mit dem Editor geöffnet und AutoScan=0 anstatt AutoScan=1 eingegeben!
Nun bleibt Scandisk beim Neustart geschlossen!
Ist zwar keine saubere Lösung und irgendwann wird es sicher Probleme geben aber bis dahin vergeht hoffentlich noch viel Zeit! 
 
PS: Scandisk per Hand zu starten bringt bei meinem PC jetzt nix mehr da er immer den "Intensiv-7-Stunden-Test" ausführen will ...