Du hast eindeutig ein Treiberproblem, W2k läuft auch mit 2 Grafikkarten anstandslos (wenn die Treiber mitspielen).
Bei mir hängen derzeit 3 Monitore an 2 Grafikkarten (Matrox G400Max + Mystique) und ich kann (dank des letzten Treiberupdates von Matrox 

 ) alle drei Monitore mit unterschiedlicher Auflösung/Farbtiefe/Refreshrate betreiben.
Der Fehler liegt also nicht bei W2k, ich würde mich auch mal um andere Treiber umschauen bzw. unterschiedliche Grafikkarten-Kombinationen (wenn du mehrere zur Verfügung hast) ausprobieren.