NTFS ist performanter als FAT32.
Weiters kannst nur mit NTFS eine echte Benutzerverwaltung realisieren.
So kannst eben Verzeichnisse, Dienste etc nur für bestimmte Benutzer freigeben. Das ist auch hilfreich als Sicherheitsmaßnahme in Verbindung mit dem Internet.
Als Beispiel: bestimmte Dienste nur mit Administratoren-Rechten versehen und als Benutzer XY ohne Admin-Rechte am System arbeiten. Damit hat unbefugte Software aus dem Netz keine Chance da was anzurichten (diese Methode ist in der Linux-Welt Gang und Gebe, wird aber erst jetzt von Windows-Standardbenutzern angewandt).
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