Frage
 

Was ist eigentlich damit:

Ich installiere W95b auf der besagten Partition (FAT32) neu und
(bootfähig)- und kopiere dann die ganze "alte" (FAT16) darüber?

Geht das?

Dein Problem ist nicht ganz einfach!
Drüberkopieren ist möglich, aber es dürfen dabei die neuen Systemdateien nicht überschrieben werden (und das sind ziemlich viele)!!! Sonst geht anschliessend wahrscheinlich gar nix.

Hauptproblem ist einmal, das WIN9x IMMER nur auf der ERSTEN AKTIVEN Partition booten kann. Mit einem Bootmanager wird beim booten entsprechend die gewünschte Partition als aktiv "markiert". Allerdings kann man dann (glaub ich) auf die "nichtaktive" andere dann nicht zugreifen.

Ich würde dir raten, auf der neuen Platte, die du als erste Primäre Platte einbaust, das 98SE zu installieren. Die alte Platte hängst als Slave oder am zweiten IDE dran und kannst dir die wichtigen Dateien dann rüberkopieren.

Scheint mir jedenfalls vom Aufwand her am sichersten zu gehen.