Also heatpipes ist es so gut wie egal ob sie hitze von oben nach unten oder umgekehrt leiten sollen, der wirkungsgrad ändert sich zwar schon, aber nur geringfügig.
aber auch ob der kühler unten oder oben ist wird das ganze nur leicht beeinflussen da is wichtiger das der gesammer airflow im case stimmt.

also ich hab die en9600gt silent pci-e und ATX gehäuse + 4 gehäuselüfter und keine probs - und ich sag mal du kannst die graka ja eh nicht anders einbauen als wie vorgesehen ...

Also beim Noctua NH-C12P ist es nicht egal, wie herum man ihn einbaut.
Er sollte laut Hersteller nicht so eingebaut werden, dass die "Kühlungsenden" der (relativ langen) Heatpipes nach unten zeigen.

http://noctua.at/images/faqs/nh_c12p_orientation.jpg

Da das bei deiner Grafikkarte allerdings unmöglich ist, dürfte es keinen merkbaren unterschied machen, ob sie kopfüber oder normal eingebaut wird.

stimmt hab sie in nem btx gehäuse verbaut (kühlkörper nach oben)
musste allerdings das slotblech abdremeln weil sie anscheinend nur für ATX standard ausgelegt ist...

gehäuse lüfter ist nur einer drinnen (Dell optiplex) der bläst über CPU (passiv kühler ) + graka