OK, also ein 1F Kondensator hilft Dir hier nix, der taugt ja nur für DC!
Ich schätz mal, dass das Aggregat ein rechter Mist ist und bei Lastwechsel in Frequenz und v.a. Spannung start abweicht, denn sonst kann die USV nicht so leicht kaputt gehen, die ist ja dafür gebaut, den Mist aus dem Netz abzufangen.

Evtl. nimmt Deine Pumpe zu viel Leistung auf, die der Generator nicht mehr packt.

Hat Deine USB PFC?
Wenn nicht, dann zieht das Teil seine Leistung meist nur im Spannungsmaximum der Netzperiode, d.h. in so ca. 1-2ms, wenn die Spannung über 320V erreicht.
So ein kleiner Generator packt das aber nicht, v.a. wenn er schon belastet ist.
Angenommen der kann 1000W, die Pumpe nimmt 800W auf (beim Anlauf um etliches mehr), der PC 200W. Die 200W (Dauerleistung) nimmt er aber nur in 2ms auf, d.h. 2ms lang 1000W, die restlichen 8ms dann nix mehr. Verstanden?

Das sind halt die Dinge, die man in diesen Fällen bedenken muss.

nachdem er oben sagt der Generator schafft es leicht ist die einfachste Lösung die von mudjumper. Gute USV kaufen bei der der PC immer über die Akkus versorgt wird.

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Eine Drossel in Serie könnte Spannungspitzen die von der Pumpe kommen abhalten und damit der USV das Leben verlängern. Versuch 3-5mH 1²CU Eisenkern dazu parallel einen 300-500Ohm Leistungswiederstand 30-50Watt. (Der Wiederstand wird vermutlich nicht sonderlich heiß, aber wenn er viele Störungen Filtern muß kann er sehr heiß werden! Am besten mal Testen und messen.)

vielleich hilft sowas:

http://www.distrelec.com/ such nach Spannungskonstanthalter

Vielen Dank für das rege Interesse!
Nach Rücksprache mit Kollegen ist das Problem nun ein bisschen eingekreist:
Das Aggregat kann - laut Hersteller (Honda) - in seiner Anlaufphase undefinierte Spannungen liefern, und empfiehlt dabei, zu der Zeit keinen Verbraucher anzuschließen.
Dort liegt wohl auch der Hund begraben.
Als Langfristlösung werden wir mit einem anderen Aggregat arbeiten, dass die Pumpe gleich via Drehstrom bedient, und 230V als eigenen Stromkreis vorsieht.

@cisk: danke für den tipp!

Das Problem mit der Anlauffase wirst du bei jeden Notstromaggregat haben. Da die Ausgangsfreuquenz und die Ausgangsspannung drehzahlabhaengig sind, musst du warten bis das Ding stabil laeuft. Der Grund ist die unzureichende mechanische Regelung.. Der Regler stellt auf volle Drehzahl, wenn das Aggregat gestartet wird, erst wenn die Solldrehzahl ueberschritten wird >Spannung und Frequenz zu hoch, wird der Motor abgreregelt. Das umgekehrte Problem hast du wenn das Aggregat von Leerlauf auf Maximallast gebracht wird. Moeglicherweise gibt es als Draufgabe noch Spannungs- u. Frequenzueberschwinger.