Die Addons, die du nur kopiert hast ja...aber die installierten addons nicht.....

ich würde den Flusi komplett platt machen, dann neuinstallieren und ein image machen, wenn alles läuft

Oder man packt alle Add-Ons (Scenery, Flugzeuge und Texturen,etc..) in .exes (mit Winrar,o.ä.), die man dann einfach in das Hauptverzeichnis des FS entpackt.

Ich für meinen Teil habe alle meine Add-Ons in solchen .exe-Dateien. Einfach Doppelklick, FS-Verzeichnis,fertig.

Eine normale Deinstallation löscht NICHT AddOns. Einzig wenn man Texturen verändert hat werden diese überschrieben.
Sichere die scenery.cfg, das erspart viel Arbeit. Auch deine Traffic.bgl kannste sichern.

Was auch geht ist Den FS und ausschließlich den fs auf einer gesonderten Platte laufen lassen